Thu, Dec 15 - SNSよりBlogが好き。

19:39 今日の研究会の中盤でつぶやいた内容がポストできてなかった. そういえば, 一度, 夜フクロウが固まったかな
19:36 RT @CBRC_info: 1月24〜27日(火〜金)のBiWO2011(Bioinformatics Week in Odaiba)http://t.co/N5iLgasKでは、ポスター投稿を募集しています。受付締切は12月21日24時です。ご応募お待ちしています。参 ...
19:33 RT @akibablog: グッ鉄カフェ、今日行ったときは「心地よくなかった」。なにか違う RT @aozaki_n: グッスマカフェでもぐもぐ。秋葉原のなんとかカフェより全然いいなやっぱ。少し遠いが。 http://t.co/dH7F3i4t
17:42 大御所の先生による学会の歴史やパネルディスカッションでの各研究会の趣旨説明は若い人にも有意義だと思うのだが, 入場券が4000円の予稿集であるため, 多くの学生は帰ってしまい勿体無い.
16:26 予稿集購入したからシンポジウムへは参加するけれど、昔、講義を受けたことのある先生がチラホラ。修論公聴会みたいな空気で場違い感が・・・, JSAIをよく知るきっかけと前向きに考える.
16:01 他流試合SIG-MBIは終了いたしました. 発表者の皆さまお疲れさまでした. #sig_mbi
16:00 カオスになるとどうなるか？アトラクタ構造の範囲の中で検査できないか？ --> 頻度がそもそも定義できない. 連続時間でないと難しい. 周期性があるのはラッキーなパターン. #sig_mbi
15:56 被食者ー被食者系でどちらかが絶滅しないように、パラメータ調整を行い周期性を保持 #sig_mbi
15:55 確率空間はどうなっているのか？現実世界を定義できるか？生起確率は何を表すか？ --> パスのシリンダー集合、微分方程式のような変数は置かない、確率的に初期値を割振ればモデル検査はできる #sig_mbi
15:51 モデル群検査：統計手法による近似的なモデル検査アルゴリズムを開発. モデルは微分方程式などでもよい. #sig_mbi
15:47 統計的手法による近似的な確率的モデル検査. 確率的シミュレーションと統計的手法推論を標本の偏りが十分になるまでくり返す #sig_mbi
15:46 頻度式を含む仕様に対する確率的モデル検査は計算量が多い #sig_mbi
15:43 条件付き頻度を記述するための演算子Qを導入 [JSST2011, INFINITY'11(EPTCS73)] #sig_mbi
15:41 例：連続時間マルコフ連鎖としてモデル化した捕食者-被食者系. 確率的周期性を持った振動であれば何でもいい #sig_mbi
15:39 到達性、安全性、定常状態への到達、チェックポイント #sig_mbi
15:38 （時間有界）確率的線形時間論理：ある時間的性質を満たす実行が生起する確率に言及できる論理 #sig_mbi
15:37 目的：生命システムの定量的に適した仕様記述言語の設計 #sig_mbi
15:36 バイオ分野でのSBML (Systems Biology Markup Language) , 生命システムの仕様 #sig_mbi
15:33 モデル検査：モデルの振る舞いが仕様を満たすかを自動で網羅的に検査する手法 #sig_mbi
15:32 確率的モデル検査を用いた生命システムの振舞い解析 ○冨田尭（東京工業大学） #sig_mbi
15:31 帯状回後部を使った研究は今一番ホット、最もハブになってネットワークができている. アルツハイマーの人ではこの部分の働きが落ちる #sig_mbi
15:29 ラムダ波は視覚情報のアップデートがあった時に出る #sig_mbi
15:26 MRIの中でレム睡眠後のノンレム睡眠をクリアにデータを取るのは騒音があり難しい. 1名を2日とって1回成功すれば良い方 #sig_mbi
15:23 脳内の不活領域間での平均path lengthが長くなったということか？ --> 平均した上でランダムネットワークで割算 #sig_mbi
15:20 fMRIでネットワーク解析するとpath lengthが覚醒時より入眠時で増大することが分かった #sig_mbi
15:19 刺激を見落とす, 気が付かない, 反応時間の延長. 脳活動からこれを説明する知見がない #sig_mbi
15:18 全能を3781領域(node)に、被験者は何もしない. 被験者は眠くなりα波が消えて遅い波が出てくる #sig_mbi
15:17 自発性脳活動のグラフ理論によるネットワーク解析 #sig_mbi
15:16 結論：レム睡眠中の急速眼球運動は夢見の視覚情報を追うために行なっている #sig_mbi
15:15 脳波100倍近いMRIのノイズの中で, 脳波・眼電図・心電図を測定. ノイズは計算機的に除去 #sig_mbi
15:13 急速眼球運動と夢見が関係しているのであれば第一次視覚野の活動が必要なはず. 高分解能な　fMRIと脳波の同時計測が必要. #sig_mbi
15:11 眼球運動と視覚情報が関係していればλ波が出てくるはず #sig_mbi
15:10 走査仮説：レム睡眠中の急速眼球運動は夢の中での視覚イメージを走査している #sig_mbi
15:08 日常、目を動かした際に得ている視覚情報はピンポイントでその差分を得ている #sig_mbi
15:05 視覚入力がないのになぜ目が動くのか？走査仮説(Scaning hypothesis) 1957 #sig_mbi
15:04 覚醒（閉眼）, ノンレム睡眠, レム睡眠(段階1~4), 段階3~4は徐波睡眠. #sig_mbi
15:01 レム睡眠時の急速眼球運動と夢. 走査仮説, ラムダfMRI #sig_mbi
14:59 脳波とfMRIの同時計測による睡眠中の脳活動 ○宮内哲（情報通信研究機構神戸研究所） #sig_mbi
14:56 一般にカオスに研究の重点を置くが, なぜ安定な周期解を選んだのか？ --> カオスの系ではパラメータが多いため. #sig_mbi
14:53 象とネズミの時間が競合システムの問題なのか？ #sig_mbi
14:53 安定していない時、非線形項を増やすと解がでないのでは？保存するといえるのか？ #sig_mbi
14:51 捕食者と被食者の変数の数, 3すくみの場合は？2n, 2n+1だと一般化できたのか？ --> 3変数で特殊なケースを解いた. #sig_mbi
14:49 物理系ではハミルトニアンに対応しているが, ロタカ・ヴォルティア方程式での保存量の解釈は？ #sig_mbi
14:46 システムが安定な周期解を持つ時に時間に伴い一定の値をとる. #sig_mbi
14:45 離散空間での運動量保存則. 連続の場合と同様に速度に対応する導出. #sig_mbi
14:43 前進差分演算子を用いた差分化. 非線形効果を入れるとより差分方程式の導出が困難に. | 離散汎関数離散ネーターの定理から差分方程式の保存量 #sig_mbi
14:39 保存量からの差分方程式の導出, 線形連立2n差分方程式 #sig_mbi
14:38 Differential eq. -->Discrete eq. | Differential eq. --> Conserve eq. --> Discrete eq. #sig_mbi
14:37 2つめの研究、競合システムの差分化とその意義. 差分システムを適応することで生物学の時間的な変化に応用できる. #sig_mbi
14:34 同じ系を持つ実験値精度の測定に応用できる. 3変数へ拡張した常微分方程式, 速度項がそれぞれの変数でラグランジャンを解いた場合に2つ出現 (2変数の時との差). #sig_mbi
14:30 2n-ND競合システムを導出するラグランジャン. 保存量の定式化. 2変数ND競合システムの数値解. 例は捕食者と被捕食者 #sig_mbi
14:26 常微分方程式から保存量の導出手法の提案. Differential eq. --> Euler-Largrange eq. --> Conserved quantity 連続2n次元ND競合システムの保存量の導出 #sig_mbi
14:22 Noetherの定理を用いた，離散Lotka-Volterra型非線形システムの保存量の導出と解析 ○上地理沙（京都大学） #sig_mbi
13:32 ２つめの実験、全てのアミノ酸はMOPS培地における大腸菌に対して必須 #sig_mbi
13:29 大腸菌の解糖系は単一遺伝子欠損によって極小活性パスウェイの数は０にならない. ロバスト性を表している？ #sig_mbi
13:27 解糖系はエネルギー産出の中心, 解糖系の破壊は大腸菌にとって致命的. #sig_mbi
13:26 慶應コレクション [Baba et al. '06] 大腸菌における4288の単一遺伝子欠損株の実験データのコレクション. グルコースがシュナ栄養源であるMOPS培地での生育データ #sig_mbi
13:25 極小活性パスウェイのなかでATPに着目 #sig_mbi
13:24 極小活性パスウェイの数の減少は遺伝子欠損の影響度を表す #sig_mbi
13:22 計算手法 Soh and Inoue '10 #sig_mbi
13:20 EcoCyc, KEGGをデータベースより, 大腸菌のパスウェイ, 酵素反応と遺伝子のデータ. 予測結果とKeio collectionを最終的に比較. #sig_mbi
13:18 目的生物の遺伝子欠損の影響を予測手法開発, 野生株と遺伝子欠損株のパスウェイにおける極小活性パスウェイを列挙, 命題論理式と極小モデル, SATソルバーを用いる. #sig_mbi
13:16 ネットワークがコンプリートされた大腸菌が対象. 大腸菌の生育について, 遺伝子のノックアウトと表現型 #sig_mbi
13:14 新領域融合研究センターはNIIや遺伝研から融合研究のための組織された. #sig_mbi
13:13 極小活性パスウェイの列挙を用いた遺伝子ノックアウトの影響予測 ○宋剛秀（新領域融合研究センター）、井上克巳（国立情報学研究所）、馬場知哉（新領域融合研究センター）、高田豊行（国立遺伝学研究所）、城石俊彦（国立遺伝学研究所） #sig_mbi
13:12 ゲノム解析にスパコンが必要だと言われるとかえって高く感じてしまうが？-->ゲノムのマッピングには必要, 膨大なディスク容量が必要. 100-200PB. BGIでは1000PB利用している #sig_mbi
13:08 再発リスクに関わる遺伝子ネットワーク. 乳がんで既知のものが肺がんでもハブになっていることが分かった. #sig_mbi
13:00 なぜHGCスパコンが必要なのか, 1つのモジュレータで18日で完了. 実際には500モジュレータ投げたい. #sig_mbi
12:59 サンプルに重みを与えて, ネットワークを推定, カーネルバンド幅はクロスバリデーション. #sig_mbi
12:57 NetworkProfilerでの構造方程式のカーネル, 局所線形回帰モデルとNetworkProfiler #sig_mbi
12:52 データの層別化と特徴量, 軸を増やした時に相関が見えるかどうか #sig_mbi
12:50 遺伝子発現データとネットワーク推定. グラフィカル・ガウシアンで表現 #sig_mbi
12:47 宮野研のトランスクリプトミクス解析の手法について #sig_mbi
12:43 ネットワークプロファイリングによるがんシステムの多様性解析 ○島村徹平（東京大学・医科研） #sig_mbi
12:40 年度末の金沢のSIG-MBIの告知など #sig_mbi
12:37 なぜ, JSAIでバイオインフォマティクス研究会を行うか？-->BIの実務を少し離れて, 幅広い分野の研究者で柔軟な議論を行うため #sig_mbi
12:34 SIG-MBI始まりました. 東工大・小長谷先生の冒頭挨拶. #sig_mbi
12:24 JSAI創立25周年記念合同研究会・シンポジウム分子生物情報研究会 MBI (第47回SIG-MBI) まもなく始まります. #sig_mbi
11:25 .@fumi1 さんの「第26回セマンティックウェブとオントロジー研究会 (SIG-SWO)」をお気に入りにしました。 http://t.co/GZQoXJoY
10:52 今日もJSAIの合同研究会で慶応日吉へ,午後のセッションで古巣の仲間の進捗を聞く. 夕方から全体シンポジウム
10:46 RT @fumi1: 「第26回セマンティックウェブとオントロジー研究会 (SIG-SWO)」をトゥギャりました。 http://t.co/uS4hwu1B