気がつけば1ヶ月放置

日記

12月は論文に忙殺されていてブログを更新できていません。一段落したらまたボチボチ書いて行こうかと思います。さて、このブログですが遊び（漫画、ゲーム、アニメ）の話題と研究の話題が混じっていて整理するべきかどうかで迷ってます。どちらも大した記事…

2007-11-13

PS3・Fedora8はXFceで使うと吉

Linux PS3

PS3 でFedora8の標準ディスクトップ環境であるGNOMEを利用していると、あっという間にメモリ使用率が100%になって、swapに読み書きするのでいくつかのアプリケーションを起動させると、ハングして強制ログアウト（ログイン画面に戻されます）します。他のデ…

2007-11-12

続・PS3でfedora8

PS3 Linux

PS3のディストリをfedora8に移行して3日目ですが実は3回再インストールしてます。（インストールについてはhttp://d.hatena.ne.jp/hoehoe2nd/20071110/1194679723を参照）初回インストールにデフォルト設定でフルパッケージ選択したところ、Xen関連のエラー…

2007-11-10

「PLAYSTATION3にFedora8をインストール」まとめ

PS3 Linux

(1)PLAYSTATION3のXMBからFirmwareを最新版にする。ホームメニューの（設定）から（システムアップデート）を選び、○ボタンを押す。［インターネット経由でアップデート］を選び、○ボタンを押す。アップデートデータをダウンロードする。 (2)CELL-Linu…

2007-11-10

PS3でFedora8を試す。

Linux

（追記：Nov. 12, 2007）下記の情報をまとめた記事が以下にあり、そちらの情報の方が新しいです。「PLAYSTATION3にFedora8をインストール」まとめ http://d.hatena.ne.jp/hoehoe2nd/20071110/1194679723 今日はプレ実験としてFedora8 のPPC版をダウンロード…

2007-11-08

MPICH2を使ってみた

並列計算機 Linux

MPICHはプログラムを実行のたびにmachinefileを読みホストにアクセスするのに対し、MPICH2は先に各ホストでデーモンを起動させておき、その上でプログラムを実行するタイプ（LAMに似てる？）。色々と文献を調べると後継のMPICH2の方がMPICHより効率が良いら…

2007-11-07

MPIのベンチ(追記アリ)

Linux PS3 並列計算機

PS3 Linux で MPI を利用することは意外とあっさりできた。ディストリビューションが異なるnodeをつないでもディレクトリ構成さえ同じであれば問題なく通信できた。また、Yellow Dog Linux 5 の PS3 を 2、4 ノード用いた場合と Fedora7, Ubuntu 7.0.4 を別…

2007-10-29

Cell BE Cluster 好評稼働中

PS3 Linux 並列計算機

エラー続きだったのに、再設定したらあっさりとMPIの送受をしてくれた。Yellow Dog Linux 5.0 for PLAYSTATION 4台 Ubuntu 7.04 2台の2セット計6台が稼働した。残り2台をFedora7時期的にFedora8にするかもしれないが、ディストリごとにベンチマークとって、…

2007-10-24

刹那

デジタルライフ

いまさらながらgoogleのリアルタイムインデクシングに驚愕。投稿した記事が瞬時にgoogle検索に反映される。そんな夢のような現実にちょっと興奮してしまった。 RSSフィードとpingを利用しているそうだ。詳しくは下記referenceを参照。（SEMリサーチ, Goo…

2007-10-24

IBMからCellSDK3.0リリース

Linux PS3

以前、Cell SDK 3.0の early release が出ていたと書いたが、 IBMから正式なリリースがあったようだ。(2007.10.19) 時間があるときに内容物をチェックしたい。開発キットに含まれるのは以下の通り、（いいかげんな直訳なので注意） Cell/B.E.™ Software Dev…

2007-10-18

OpenGLの勉強中

Linux Windows

物理モデルを可視化するために、 3D(2D)グラフィックスのプログラムインターフェースである OpenGLを勉強中。DirectXの対抗馬でもある。多少枯れたGPUでも問題なく利用でき、 Windows Aero や Beryl が動いてる環境であれば快適に利用できる。マルチプラッ…

2007-09-27

PS3用 Ubuntu 7.04 に環境を移行

Linux PS3

PS3 Linux の中では Ubuntu が比較的サクサク動くらしくまた、最新版にはCellSDK2.1 が含まれていると聞き、mpichやGlobusの導入と合わせて検証のためにインストールしてみます。さて、PS3のシステムヴァージョン1.6以降では「その他のシステム」のインスト…

2007-09-03

私的なYDLメンテの覚書

Linux PS3

強制リセット抜きにPS3のゲームOSとデュアルブート可なのは未だに、Yellow Dog Linux 5.0 for PS3 だけっぽい。在宅研究でSIMDプログラムのトレーニングをするために、久しぶりにYDLを再インストールした。使い勝手をよくするための設定がFedoraに比べると多…

2007-09-01

fedora8-test1を試す

Linux

11月に正式リリースが予定されている次期Fedoraのtest版がリリースされました。久しぶりに時間が取れたので、今週末はこれをインストールしてみます。ダウンロードは下記のFedora Projectのミラーリストから行えます。http://mirrors.fedoraproject.org/publ…

2007-08-16

ピンチ、図書館が盆休み

日記

試験勉強に分子生物学や生体材料工学、生命システム関連の本を借りに行こうと思ったら、来週まで図書館がお盆休み。週明け２日しかないけど、最後まで悪あがきしようと思います。それまでは、英語でもちまちま勉強しますか。仕方なく、過去に授業で使った生…

2007-08-11

バイオインフォマティクス・コンピューティング

本

バイオインフォマティス関連の本を図書館で借りた。この本は東京大の複数先生が各章を担当して執筆されています。分子生物学の知識がある人がバイオインフォマティクスの具体的な例を読み物として読むのに向いている本だと思いました。ネットワーク、データ…

2007-08-04

地元の祭りの花火

日記

でかけようと家から出たら駐車場に人だかり、何事かと思ったら今日は地元の花火大会でした。近所のコンビニやビデオレンタル店、路地裏まで人でいっぱい。みんな携帯で写真とってらっしゃるので、便乗して撮影。1時間ぐらいの花火なのですが、地元民がみな夜…

2007-08-04

友人にいただいた本

本

以前に友人からもらった「生命と遺伝子」という本を読了。（実は生物系の試験対策だったりするが・・・）小さいサイズでソフトカバーの本ながら、生物化学から遺伝学、進化論についてよくまとめられている。大学の教養科目用の教科書として書かれているので…

2007-08-01

Globus Toolkit 4 の解説＆導入本

本 grid

Globus Toolkit 4 の導入に便利な本。Grid の基本的なことから Globus の概念までカバー。以前に紹介した IBM の日本語の本には GTK2.4〜3 までのシステムの推移や導入法が書かれているので、そちらと併用すると吉。Globus® Toolkit 4: Programming Java Ser…